Le due torrette bianche che chiudono la darsena sembrano antiche quanto la basilica, e molti le scambiano per opere palladiane. In realtà raccontano il periodo più basso della storia dell’isola, quello che seguì la caduta della Repubblica. Nel 1806 Napoleone soppresse il monastero e i monaci furono concentrati a Santa Giustina di Padova; un solo religioso, Placido Ragazzi, non volle abbandonare l’isola.