Il Ponte San Tomà scavalca il rio omonimo nel sestiere di San Polo, tra la Fondamenta San Tomà e la Calle dei Nomboli: un ponte in pietra con struttura in mattoni e bande in ferro ad archi gotici. Il rio scende dal Canal Grande, tra Palazzo Marcello dei Leoni e Palazzo Giustinian Persico, e lungo la fondamenta e il campiello si arriva al traghetto.