Ponte San Tomà przerzucony jest nad kanałem o tej samej nazwie (rio — wenecki kanał) w sestiere San Polo (sestiere — dzielnica; Wenecja ma sześć), między Fondamenta San Tomà (fondamenta — nabrzeże) a Calle dei Nomboli (calle — wąska wenecka uliczka): kamienny most o ceglanej konstrukcji, z żelaznymi barierkami w gotyckie łuki.