Die Theatiner, ein 1524 in Rom von Gaetano da Thiene und Giovanni Pietro Carafa gegründeter Orden – Carafa wurde später Papst Paul IV. –, kamen 1527 nach Venedig, als sie vor der Plünderung Roms flohen. Im Jahr darauf bezogen sie ein altes Oratorium, das dem heiligen Nikolaus von Tolentino geweiht war. An seiner Stelle steht heute die Kirche. Das heutige Gebäude entwarf Vincenzo Scamozzi.